Produkt-Update: BRCA1 und BRCA2

Durch das auf der HANDLE (Halo-shaped Annealing and Defer-Ligation Enrichment) Technologie basierende NGS-Verfahren der AmoyDx® BRCA Panels können Punktmutation (CNVs), Insertionen und Deletionen (InDels) ermittelt werden. Zusätzlich können an DNA aus Blutproben auch große Genrearrangements (LRs) gefunden werden.

Während dafür bisher eine parallele Analyse von 5 Blutproben notwendig war, kann die Analyse der LRs mit dem neuen Kit an nur einer Blutprobe vorgenommen werden. Die Verifizierung eines solchen großen Rearrangements mittels MLPA ist mit dem neuen AmoyDx® BRCA Pro Panel nicht mehr nötig.

Funktionsprinzip

Das AmoyDx^® BRCA Pro Panel basiert auf der HANDLE (Halo-shaped Annealing and Defer-Ligation Enrichment)-Technologie (Abbildung 1). Es ermöglicht die Herstellung von NGS-Libraries in nur 5 Schritten innerhalb von etwa 5 Stunden, die Hands-on Zeit beträgt dabei nur etwa eine Stunde. Die Sonden hybridisieren zunächst mit ihren terminalen komplementären Enden an der Zielregion der genomischen DNA. Mittels Polymerase wird die DNA am 3‘-Ende der Sonden entlang der Target-DNA verlängert und durch eine Ligase mit dem 5‘-Ende der Sonden verknüpft. Durch enzymatische Verdau werden lineare DNA-Moleküle entfernt. Die verbleibenden ringförmigen DNA-Sequenzen werden durch PCR amplifiziert, dabei werden Index-Sequenzen und UMIs angefügt. Alle Reaktionen finden in nur einem Tube pro Patienten-Probe statt.

Durch die Verwendung von UMI (Unique Molecular identifier)-Sequenzen können Artefakte durch die Amplifizierung der Library und die Sequenzierung eliminiert werden. Die mit dem AmoyDx® BRCA Pro Panel erzeugten NGS-Libraries sind für die Sequenzierung auf Illumina-Plattformen geeignet.

Die Analyse der Sequenzdaten erfolgt auf dem AmoyDx® NGS Data Analysis System (ANDAS), bestehend aus einer lokalen Workstation mit vorinstallierter Analysesoftware. Die Auswertung erfolgt damit sicher und in nur wenigen Schritten.

Hintergrundinformationen für das AmoyDx® BRCA Pro Panel (CE/IVD)

Die Tumorsuppressoren BRCA1 und BRCA2 sind essentiell für die Reparatur von DNA-Doppelstrangbrüchen durch Homologe Rekombination. Deletäre Mutationen in den dafür kodierenden Genen sind in soliden Tumoren häufig zu finden. Für die Reparatur von Einzelstrangbrüchen in der DNA spielt das Enzym PARP-1 (Typ I Poly ADP-Ribose Polymerase) eine wichtige Rolle. Mit PARP-Inhibitoren, die für die Behandlung von Patientinnen mit Ovarialkarzinomen oder Brustkrebs mit Mutationen in den BRCA1 und BRCA2 Genen zugelassen sind, kann das Tumorwachstum gehemmt werden. Durch Inhibition von PARP-1 werden dabei DNA-Schäden erzeugt, die ohne funktionelle BRCA1 und BRCA2 Proteine nicht repariert werden können [1-3].

Das BRCA1 und das BRCA2 Gen sind auf den Chromosomen 17 bzw. 13 lokalisiert. BRCA1 enthält 22, BRCA2 26 kodierende Exons. Inzwischen sind mehr als 3000 Mutationen bekannt, die die Funktion der BRCA Proteine beeinträchtigen. Diese beinhalten Punktmutationen, Insertionen, Deletionen sowie große Gen-Rearrangements (Large Rearrangements, LRs) und sind nicht in bestimmten HotSpot-Regionen in den BRCA-Genen konzentriert. Gemäß den Richtlinien der IARC (International Agency for Research on Cancer) und dem ACMG (American College of Medical Genetics) können BRCA1 und BRCA2 Mutationen in 5 Kategorien klassifiziert werden. Bei Patienten mit BRCA1/2 Klasse 4 oder 5 Mutationen können PARP-Inhibitoren effektiv wirken.

Zweckbestimmung

Das AmoyDx® BRCA Pro Panel (CE/IVD) ist ein Next-Generation Sequencing (NGS)-basierter in vitro-Diagnostik-Assay, der für die qualitative Detektion von BRCA1 und BRCA2 Varianten in DNA-Extrakten aus peripherem Vollblut sowie aus FFPE-Gewebe bestimmt ist. Die Analyse deckt alle kodierenden Exons, die Grenzregionen zwischen Exons und Introns, einige Introns sowie UTR-Regionen der BRCA1 und BRCA2 Gene ab. In DNA aus Gewebe können mit dem Kit Punktmutationen (SNVs) und Insertionen sowie Deletionen (InDels) detektiert werden. In DNA aus Vollblut ist zusätzlich die Analyse von großen Rearrangements (LRs, Large Rearrangements) möglich. Der Assay ist zur Identifizierung von wahrscheinlich pathogenen und pathogenen Varianten (IARC Klasse 4 und 5) in Patientinnen mit Brutkrebs und Ovarialkarzinom bestimmt. Das Kit ist nur zur Verwendung durch ausgebildetes Fachpersonal im Laborumfeld bestimmt.